Wichtige historische Daten:
    1876     Gründung der Kirchengemeinde
    1897     Einweihung der Kirche
    1951     Erste umfassende Renovierung des Innenraumes
    1997     Zweite umfassende Renovierung und Restaurierung

1876 wurde die Evangelische Diasporagemeinde in Markdorf gegründet. Unbeirrt durch die Widerstände am Ort schuf sich die kleine Gemeinde zunächst einen Betsaal, nachdem sie sich erfolglos um eine der Kapellen Markdorfs bemüht hatte.
Den besten Raum, der aufzufinden war, bot ein Saal in einem leestehenden Brauereigebäude, den die Gemeinde mieten konnte (heute Südkurier). Doch die Lage dieses Saales, eingebaut in die Ökonomiegebäude des Kronen-Gasthofes, war ungünstig und der Raum nicht ausreichend.

So war die Gemeinde dankbar, als ihre neue neugotische Kirche am 3. November 1897 nach 17 monatiger Bauzeit eingeweiht werden konnte. Sie befindet sich auf der Südostecke der alten Stadtbefestigung.
Innerhalb von gut 20 Jahren hatte die Kirchengemeinde genügend Mittel zusammengetragen, um mit Hilfe des Gustav-Adolf-Werks und des Badischen Großherzogs Friedrich und seiner Frau Luise (sie stiftete Altar und Chorfenster) zur ersehnten eigenen Kirche zu kommen für eine stetig wachsende Gemeinde, die um 1900 bei 300 Mitgliedern lag (davon 200 in den Außenorten).

Das wegen der schönen Lage gekaufte Baugrundstück verursachte damals freilich große Schwierigkeiten: es wurde durch einen öffentlichen Weg zerschnitten (Schulgasse) und zeigte einen sehr unregelmäßigen Grundriss. Die Probleme wurden dadurch behoben, dass der Kirchenboden einfach über den Weg gelegt wurde (dadurch der Tunnel) und eine damals noch seitlich offene Vorhalle dem Innenraum einen symmetrischen Grundriss ermöglichte.

1951 wurde das Innere der Kirche das erste Mal gründlich renoviert und deutlich verändert.

1954 erfolgte der Einbau einer elektrischen Heizung.

In den Jahren 1963/64 ließ die Gemeinde durch den Bermatinger Künstler Erich Kaiser den Innenraum und den Eingangsbereich so gestalten, wie er sich bis 1996 zeigte.

1984 wurde der "Gute Hirte" neben dem Haupteingang vom Steinmetzmeister Wohlrab Senior gestiftet.

1997 schließlich wurde die Kirche nochmals umfassend renoviert.
Im Vordergrund stand die Bestandsicherung und -erhaltung des Gebäudes: Dach und Dachstuhl, Mauerwerk und Turm, Glockenstuhl und Glockensteuerung, Heizanlage und Sanitäranlage.
Bei der Renovierung des Innenraumes wurde die Annäherung an die Originalfassung angestrebt. Insbesondere konnte das 1963 zugemauerte Altarfenster samt Nischen freigelegt werden.
Der Chorbereich wurde wieder mit historischer Silikatfarbentechnik gestrichen und mit einem schablonierten Fries geschmückt.
Die wiedergefundenen alten Bleiglasscheiben konnten ergänzt und restauriert werden, so dass alle Kirchenfenster wieder in ursprünglicher Pracht den Kirchenraum beleuchten.
Teppich- und PVC-Bodenbelag wurden durch quadratische Fliesen ersetzt und die Kirchenbänke in mühsamer Eigenleistung restauriert.

Als bisher letzte Maßnahme wurde im Jahre 2001 eine komplett neue Orgel eingeweiht.